Первоначально, храм располагался в непосредственной близости от дороги, ведущей из Ярославля в Москву. Это подтверждается сведениями о смерти реформатора церкви патриарха Никона, возвращавшегося из ссылки из Кирилло-Белозерского монастыря через Ярославль в Москву.
В 1882 году были упразднены приделы в нижнем храме, так как из-за тесноты и сырости использовать их было крайне трудно. В 1883 году изменения в облике храма были осуществлены купцом П.А. Ерыкаловым, служившего в должности церковного старосты тридцать четыре года. Таким образом, третий строительный период нашего храма, когда он приобрёл окончательный вид, датируется 1867-1883г. Так же архитектурные особенности здания просматриваются на фотографии, сделанной с Туговой горы. Мы видим, что колокольня представляет собой восьмерик на четверике (паперти). Крыша четверика четырёхскатная, храм увенчан одной главой луковичной формы.
Как свидетельствует запись в «Ведомости о церкви…», в 1722 году церковь была надстроена вторым этажом. При надстройке второго этажа, первоначальное строение было реконструировано. Вновь возведённый храм на втором этаже был освящён во имя Николая Чудотворца. Облик, вновь возведённого храма в обобщенных чертах, зафиксирован на гравюре А.И. Ростовцева «Ярославль», датируемой 1731 годом.
На рубеже XVIII-XIX веков интерьеры здания многократно ремонтировались. Возведение новой колокольни началось в 1867 году. К 1871 году новая колокольня была достроена. После революции 1917 года здание храма находилось в распоряжении общины верующих и по-прежнему использовалось в качестве храма. В 1920 году случилось сильное наводнение, но храм находится на небольшой возвышенности и поэтому не залит водой, в отличие от ближайшей территории. В 1931 году храм был закрыт, в этот же период была разобрана колокольня. Затем здание использовалось под общежитие, морозильный цех рыбной базы, склад.
В настоящее время храм открыт. Богослужения проводятся регулярно, параллельно ведутся ремонтные работы по восстановлению храма. На следующем этапе планируются работы по восстановлению утраченных частей объекта культурного наследия: глава четверика и колокольня. Восстановление площади перед храмом в настоящее время затруднено, в виду того, что территория бывшей площади частично занята частными жилыми домами.
Николо-Тропинский храм построен в 1660 году, находится в Ярославле на правом берегу Которосли, вблизи Туговой горы и ансамбля Коровницкой слободы.
Возвращаясь из северной ссылки, в августе 1681 года умер знаменитый патриарх-реформатор Никон, гроб с его телом был поставлен на некоторое время в Николо-Тропинской церкви.
В 1867–1883 годах церковь пережила перестройку в «русском стиле»: на средства купца Петра Ерыкалова были сооружены новые шатровая колокольня, приделы, паперть, алтарь и трапезная.
«Церковь Николая Чудотворца в Тропино», является объектом культурного наследия регионального значения.
В 2000-х здание использовалось объединением «Ярославрыба» под склад рыбопродукции и общежитие.
С 30.04.2021 здание передано Русской Православной Церкви, были возобновлены богослужения в храме которые идут и по сей день.
